La parte superiore è stata ricostruita successivamente: l’apertura circolare che si trova al centro è stata aggiunta nel 1600, mentre gli stemmi che sono incastonati nella parete, ai lati del portale di ingresso, appartengono alla famiglia Farnese e sono databili probabilmente al XIX secolo. La Madonna con Bambino che si trova sopra il portale è la copia di una scultura in marmo che attualmente è conservata nel Museo d’Arte Sacra; l’opera è del sec. XIV ed è attribuita ad un autore operante nella cerchia di Tino di Carnaino, in origine questa statua era protetta da una grata in legno e ogni notte vi si accendeva una lampada che serviva anche a rischiarare il buio della piazzetta.

All’interno notiamo invece che la fase romanica è praticamente scomparsa, come pure sono comparse tutte le testimonianze degli interventi che vennero eseguiti in questa chiesa nel corso del 1500 e del 1600. L’edificio è decorato con un semplice e sobrio stile neoclassico progettato e realizzato nel 1826-28 su disegno dell’architetto volterrano Angelo Belluccì.

Sono visibili quattro altari minori, gli unici superstiti dei sei che vennero costruiti nel corso del XIV. Sono sopravvissuti gli altari dedicati alla Madonna del Riscatto, sopra il quale si conserva un affresco rappresentante la “Madonna con Bambino” di autore ignoto del XV secolo; alla Madonna del Carmine, ricostruito nel 1745, la tela al di sopra è di Vincenzo Meucci (Sec. XVIII); alla Madonna del Rosario, che nel 1895 venne invece intitolato a S. Giuseppe e sul quale vi è una tela di Carlo Maratta rappresentante una “Sacra Famiglia” donata alla chiesa da mons. Gaetano Incontri in quello stesso anno.
L’ultimo altare era in origine dedicato all’Angelo Custode, ma nel 1767, in occasione della canonizzazione del Calasanzio, fondatore dell’ordine degli Scolopi, venne dedicato a questo nuovo santo; infatti la giurisdizione della chiesa era passata, nel 1711, ai membri di questo ordine che gestivano il collegio costruito nell’edificio annesso alla chiesa. L’altare maggiore, che in origine era realizzato in legno, venne ricostruito nel 1785 e sostituito con un altare in marmo prelevato dalla chiesa di 5. Pierino in Selci che fu ampliato e arricchito del tabernacolo a spese della famiglia Cherubini, i cui stemmi furono inseriti nella decorazione.

Anche il campanile fu costruito ex novo nel 1826-28, per l’occasione vennero anche rifuse le campane. Inoltre fu aggiunta una Cantoria sopra la porta d’ingresso dove venne collocato, nel 1838, un nuovo grande organo costruito da Antonio Ducci da Cortona. Questo organo, che si conserva ancora oggi nel medesimo punto, è l’ultimo di una lunga serie; il primo di essi fu costruito nel 1629, fu poi restaurato nel 1632 da Fabrizio Quartieri di Cesena per essere definitivamente sostituito nel 1642. Questo secondo organo, che era stato costruito da Luca Romani di Cortona, venne distrutto nel 1776 da un fulmine. Fu così acquistato dagli Olivetani di Sant’Andrea un organo costruito per quella chiesa da Vincenzo Zanetti nel 1725, che fu poi sostituito da quello del 1838.