È, comunque, l’interno che racchiude monumenti pittorici e scultorei di pregio. Molte sono le opere di Cosimo Daddi: ‘Visitazione’ che si trova sull’altare sinistro della chiesa, le dodici lunette in tela con ‘Storie della vita di Cristo’, fra cui quella di ‘Gesù fra i Dottori e tutte le decorazioni della volta.

All’altare destro c’è ‘la Natività’ di Cesare Dandini, mentre la grandiosa tavola sull’altare maggiore, rappresentante ‘Maria Santissima, S. Lino ed altri santi’ è opera del Curradi, datata 1597. Ai lati dell’altare maggiore erano altri due dipinti su tela: un ‘S. Giovanni evangelista’ e un ‘Cristo nell’orto’, opera forse del Daddi. Come ancora del Daddi è la ‘Visita di S. Elisabetta’.

Nella chiesa è presente anche il sepolcro del suo fondatore. Di finissimo marmo carrarese con semplici, ma eleganti ornati, il monumento, dove sono racchiuse le spoglie mortali del Maffei, è opera di Silvio Cosini, collaboratore e scolaro di Michelangelo. La statua del volterrano è opera di Mino da Fiesole e rappresenta il defunto in atto di appoggiare il capo alla destra e sollevandosi dall’urna e tenendo nella sinistra una fascia in cui è scritto Sic itur ud astra. La posizione del defunto, ricalcando la tipologia dei sepolcri a parete dei secoli precedenti, risulta similare a quella dei defunti dei coperchi dei sarcofagi e delle urne etrusche. Le statue dell’Arcangelo Raffaele e del Beato Gherardo, protettore della famiglia Maffei, sono di Stagio Stagi di Pietrasanta.
La chiesa, il 25 aprile 1819, dopo essere stata chiusa al culto, fu riaperta con la consacrazione del nuovo altare maggiore, ‘di marmi duri fatti fare a spese del vivente vescovo’.